Đã có nhiều tranh luận về phân loại loài này là Lynx rufus hay Felis rufus như một phần của vấn đề rộng lớn hơn liên quan đến việc liệu có bốn loài Lynx được xếp vào chi riêng của chúng, hay được đặt vào một phân chi của Felis.[6][7] Chi Lynx hiện tại được chấp nhận, linh miêu đuôi cộc được liệt kê với danh pháp Lynx rufus trong nguồn phân loại hiện đại.

Johnson và cộng sự báo cáo chi Lynx chia sẻ một nhánh với chi puma, mèo báo (Prionailurus) và dòng dõi mèo nhà (Felis), từ 7.15  triệu năm về trước (mya); chi Lynx phân tách lần đầu, xấp xỉ 3,24 triệu năm về trước.[8]

Linh miêu đuôi cộc được cho đã tiến hóa từ linh miêu Á-Âu, tiến vào Bắc Mỹ qua con đường cầu đất liền Bering vào thời điểm thế Pleistocene, tổ tiên loài đến sớm nhất khoảng 2,6 triệu năm về trước.[7] Làn sóng đầu tiên di chuyển vào trong phần chia phía nam Bắc Mỹ, nhưng sớm bị sông băng cắt đứt từ phía bắc. Quần thể này đã tiến hóa thành linh miêu đuôi cộc hiện đại quanh khoảng 20,000 năm về trước. Quần thể thứ hai đến từ châu Á và định cư ở phía bắc, phát triển thành linh miêu Canada hiện đại.[6] Lai giống giữa linh miêu đuôi cộc và linh miêu Canada đôi khi có thể xảy ra.[9]

Cây phát sinh chủng loài của chi Lynx[10]

Phân loài

Mười ba phân loài linh miêu hiện đang được công nhận:

• L. rufus rufus (Schreber) – miền đông và miền trung tây Hoa Kỳ
• L. r. gigas (Bangs) – bắc New York đến Nova Scotia và New Brunswick
• L. r. floridanus (Rafinesque) – đông nam Hoa Kỳ và nội địa đến thung lũng Mississippi, lên đến tây nam Missouri và nam Illinois
• L. r. superiorensis (Peterson & Downing) – miền tây khu vực Ngũ Đại Hồ, bao gồm thượng Michigan, Wisconsin, miền nam Ontario và hầu hết Minnesota
• L. r. baileyi (Merriam) – tây nam Hoa Kỳ và tây bắc México
• L. r. californicus (Mearns) – tây California thuộc Sierra Nevada
• L. r. mohavensis (B.Anderson) – hoang mạc Mojave thuộc California
• L. r. escuinapae (J. A. Allen) – trung tâm México, một phần phía bắc mở rộng dọc theo bờ biển phía tây đến miền nam Sonora
• L. r. fasciatus (Rafinesque) – Oregon, tây Washington thuộc dãy núi Cascade, tây bắc California và tây nam British Columbia
• L. r. oaxacensis (Goodwin) – Oaxaca
• L. r. pallescens (Merriam) – tây bắc Hoa Kỳ và miền nam British Columbia, Alberta và Saskatchewan
• L. r. peninsularis (Thomas) – Baja California
• L. r. texensis (Mearns) – miền tây Louisiana, Texas, trung nam Oklahoma và phía nam sâu vào Tamaulipas, Nuevo León và Coahuila[1][11]

Phân chia phân loài đã gặp khó khăn, do còn thiếu nứt gãy địa lý rõ ràng trong phạm vi của chúng và những khác biệt thứ yếu giữa các phân loài.[12]